Литература:Глинка В.М., Денисов Ю.М., Иогансен М.В. и др. Под общей ред. Б.Б.Пиотровского. Эрмитаж. История строительства и архитектура зданий. Л.: Стройиздат. Ленинградское отд-ние, 1990
В 1703—1710 гг. Фонтана работает в Москве. Он принимает участие в возобновлении сгоревших зданий на территории Кремля. Ему поручают декорировку церкви Архангела Гавриила («Меншикова башня»), которая строилась по проекту И. П. Зарудного в 1704—1707 гг.
В 1705 г. А. Д. Меншиков привлекает его к расширению Лефортовского дворца, возведенного московским зодчим Д. В. Аксамитовым.
Имеются данные, что Фонтана проектировал и строил в Москве дома для Ф. А. Апраксина и М. П. Гагарина; для последнего — и церковь в с. Степановском. Московский дом М. П. Гагарина на Тверской был одним из первых, отличавшимся классическим характером объемно-пространственного и декоративного решений. В 1773 г. В. И. Баженов отметил, что считает это здание «всех домов прекраснее».
Существенную роль в глубоком освоении ордерной системы в русской архитектуре начала XVIII в. сыграл перевод трактата крупного зодчего и теоретика эпохи позднего Возрождения Дж. Виньолы (1507—1573 гг.) «Правило пяти ордеров архитектуры» (1562 г.). Трактат был издан на русском языке в 1709 г., причем комментарии к нему были составлены М. Д. Фонтана. Участие в переводе этого капитального теоретического труда говорит о его широкой эрудиции.
С 1710 до 1712—1713 гг. Фонтана жил в Петербурге, где вел строительство дворца Меншикова на Васильевском острове и его загородной резиденции в Ораниенбауме (Ломоносов). Дальнейшая судьба М. Д. Фонтана в настоящее время не выявлена.