Это один из старинных мостов города. Название этого небольшого моста объясняется тем, что рядом с ним находятся Старо-Калинкин мост и площадь, именовавшаяся Калинкиной, - по названию деревни, раскинувшейся здесь еще в допетровскую эпоху. Известно, что деревня эта существовала и в ХVII веке, но на одних картах она называлась «Кальюла», на других - «Каллина». С начала ХVIII века утвердилось название деревни - Калинкина.
Там, где заканчивается Екатерининский канал, у места его впадения в Фонтанку, в 1783 году при отделке набережных гранитом соорудили последний Мало-Калинкин мост. Работами по его сооружению руководил инженер И.Н. Борисов, построивший несколько мостов на Фонтанке. Это был постоянный, трехпролетный мост с каменными опорами и деревянным верхним строением. Oдин из пролетов этого моста (средний) первоначально являлся подъемным. Во второй половине XIX века его заменили стационарным. В 1808 году Мало-Калинкин мост реконструировали и расширили до 16,22 метра (первоначально его ширина равнялась 10 метрам). Каменные опоры отремонтировали, дополнительно в грунт забили несколько опорных свай.
В 1907 году через мост проложили трамвайные пути, поэтому его старые деревянные конструкции на каменных опорах заменили металлическими. Однако первоначальные опоры моста сохранили. Мало-Калинкин мост декорировали четырьмя гранитными обелисками, установленными по его сторонам на закруглениях гранитных мостовых «быков», и оградили кованой решеткой.
В 1952 и 1970 годах по проекту ленинградского архитектора А.Л. Ротача на каменных обелисках восстановили осветительные фонари.
Старый Екатерининский канал здесь заканчивает свое течение. С трехпролетного Мало-Калинкина моста хорошо видно нижнее течение Фонтанки и ощущается дыхание Балтики.